햐쿠타케 혜성은 일본 남부에 거주하는 아마추어 천문학자 햐쿠타케 유지가[6] 1996년 1월 31일에 발견하였다.[1] 햐쿠타케 유지는 도시 불빛을 피해 가고시마현에서 혜성을 찾던 중이었으며, 장비로는 대물렌즈 150 mm의 쌍안경을 이용하였다.[7] 발견일 아침, 햐쿠타케는 일본 국립천문대에 혜성의 발견을 보고하였다.[8]
이 혜성은 정확히는 "햐쿠타케 2 혜성"인데, 이는 햐쿠타케 유지가 이 혜성을 발견하게 된 계기와 관련이 있다. 발견일로부터 몇 주 전, 햐쿠타케는 햐쿠타케 1 혜성(C/1995 Y1)을 발견하였고,[9] 2번째 햐쿠타케 혜성은 햐쿠타케 유지가 자신이 발견한 첫 번째 혜성 주변을 관찰하다가 거의 비슷한 지점에서 발견한 것이다.[8]
햐쿠타케 혜성 발견 직후 혜성의 겉보기등급은 11.0이었고, 코마는 2.5 각분만큼 퍼져 있었으며, 태양으로부터 2 AU만큼 떨어져 있었다.[10] 또한 혜성 발견 전인 1월 1일에 찍힌 사진에 혜성이 찍혀 있었었다는 것이 나중에 발견되었으며, 이 사진에서 혜성과의 거리는 2.4 AU였고 겉보기등급은 13.3이었었다.[5]